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中医认为口腔扁平苔藓与“口破”、“口糜”相象，也有认为与“口蕈”、“口藓”类似。其发病与内伤七情，外感风热燥邪有关。西医认为本病病因不明，从临床和基础的研究中发现可能与以下因素有关。
八大原因诱发口腔扁平苔藓
(一)因素 自60年代以来许多学者对本病与微生物的关系进行了研究。Thyreason等在病损上皮细胞内发现类似病毒的核内小体，曾认为是致病病毒，但电镜观察，表明这种核内小体是病损区细胞核膜的横切面，系上皮细胞内非特异性结构，并非病毒颗粒。
(二)精神神经因素 患者因环境、家庭、工作，个人生活等各方面原因，身心活动受影响，精神受到创伤，紧张、焦虑、忧郁等，使机体发生心理、病理、生化代谢等一系列变化、产生失调紊乱而致病。
(三)内分泌因素 本病女性患者较多，病情波动与妊娠、更年期以及一些影响内分泌功能物有关。患者雌二醇，睾酮含量多低于正常人。
(四)微量元素 扁平苔藓患者血清锌多正常，补锌也未取得，故有人认为扁平苔藓不全角化为非本质的继发性的变化。锰对维护线粒体功能有着重要作用，并与它的形成有关。
(五)系统性疾病因素扁平苔藓患者多伴有各种不同的全身性疾病或，不少患者发病及病情发展与某些系统疾病存在有关，如糖尿病、高血压消化道等。
(六)局部刺激因素 不同金属修复体在口内形成电位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔粘膜苔藓样改变。有银汞充填体引起苔藓样病损，少数患者也可能对铜、锌、银等产生变态反应。这些可能为迟发性超敏反应(Ⅳ型变态反应)接触性变态可能为游离汞进入粘膜后成为抗原而引起局部反应。
(七)遗传因素 有人发现本病有家族史倾向，不少学者进行了家系发病研究，但系谱分析不符合单基因遗传规律。现多从HLA(人类白细胞抗原)方面进行研究。在家族性扁平苔藓患者所携带的HLA型基因，明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，说明扁平苔藓发病可能与遗传因素有关。
(八)免疫学因素 目前仍不完全清楚。根据本病病情波动、反复及在上皮下固有层有炎症细胞浸润，主要为来自T淋巴细胞的浸润带，因而考虑与免疫因素有关，并证明这些细胞不是局部增生的结果，而是来自血液，现多认为扁平苔藓为免疫功能低下，可导致对一种未明病毒易感性，并提出患者存在体液免疫紊乱。
口腔黏膜疾病（口腔溃疡、口腔扁平苔藓、口腔白斑白纹、口腔纤维化、灼口综合征和白塞氏病）目前一般认为与精神因素和内分泌紊乱有关，上皮角化异常为主要病理改变，迄今西医尚少特殊的有效方法。中医学虽无本病的病名，但根据及局部表现认为，两颊属肝，症由肝阴不足，肝血虚，两颊黏膜失其濡养，以及血虚肝旺，耗伤津液，木旺克土，脾土虚则津液，不能上承所致。拟以补肝虚、清肝热、益脾气及通络。
良口汤诊疗口腔黏膜口腔扁平苔癣三大阶段：
良口汤阶段一：对口腔黏膜疾病进行辩证论治，合理用药，调节脾肺，达到疏肝、清泄肝火(热)，调理机体阴阳平衡的，从整体上来防治病菌的滋生。
良口汤阶段二：提高免疫功能抑制口腔病菌滋生，、，保持口腔黏膜疾病健康恢复脏腑功能，调节五脏正常生理功能，有效改变生理的不平衡。
良口汤阶段三：调整脏腑平衡标本兼治，加强免疫，摆脱口腔黏膜疾病反复发作痛苦，口腔内部溃疡糜烂、进食疼痛、烧灼感、等不适，解决了口腔黏膜疾病所带来的困扰。
